Oddział Instytutu Pamięci Narodowej w Białymstoku został utworzony 17 października 2000 r. Nominację na stanowisko dyrektora oddziału, z zadaniem jego zbudowania od podstaw, otrzymał z rąk prezesa IPN prof. dr hab. Cezary Kuklo z Uniwersytetu w Białymstoku.
Początkowo siedziba Oddziału mieściła się w pomieszczeniach Sądu Okręgowego przy ul. Mickiewicza 5. Pod koniec 2000 r. w białostockim oddziale IPN pracowało już 18 osób.
We wrześniu 2001 r. rozpoczęto organizowanie Delegatury IPN w Olsztynie, podporządkowanej Oddziałowi IPN w Białymstoku. W tym samym czasie siedziba Oddziału została przeniesiona do budynku przy ul. Warsztatowej 1A. Na powierzchni 2300 m² ulokowano trzy podstawowe piony: archiwalny, edukacyjny oraz pion Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu.
Z biegiem lat struktura oddziału została rozbudowana o kolejne biura, w tym: naukowe, poszukiwań i identyfikacji, upamiętniania oraz lustracyjne.